Vienos vaismedžių šaknys apmiršta, o kitos auga iš naujo. Daugiausia šaknų pasiskirsto 30-60 cm dirvos sluoksnyje. Obels šaknys siekia iki 11-14 m ilgio, o jų skersmuo būna 1,5-2 kartus didesnis už vainiko skersmenį. Gilyn vaismedžių šaknys prasiskverbia iki 2-4 metrų ir giliau. Per metus šaknys auga 3- 7 mėnesius.
Šaknų sistemos augimas priklauso nuo temperatūros, aeracijos, drėgmės, maisto, medžiagų ir kt. Geriausiai šaknys auga 7,2- 20,5 °C temperatūros sąlygomis. Nulinėje ir aukštesnėje kaip 30 °C temperatūroje šaknys nustoja augusios. Šaknų augimas susilpnėja, kai trūksta ar per daug azoto. Fosforas ir kalis padeda joms šakotis. Kalcis teikia šaknims stiprumą. Kai dirvoje karbonatų per daug, geležis virsta sunkiai paimamais junginiais. Dėl to vaismedžiai suserga chloroze. Dėl drėgmės trūkumo blogiau vystosi aktyviosios šaknys, nes jų audiniai sukamštėja ir negali paimti nei vandens, nei maisto medžiagų. Sodo dirvos drėgmė neturi būti mažesnė kaip 75-80% pilno drėgmės imlumo. Negilūs gruntiniai vandenys, dideli lietūs arba gausus laistymas pablogina dirvos aeraciją, dėl to šaknys nustoja augti ir gali sunykti. Negaudami deguonies, šakniaplaukiai žūva po 30 min.
Vienokių ar kitokių veiksnių neigiamas poveikis šaknų sistemai gali būti sumažintas agrotechnikos priemonėmis. Drėgmės pertekliui sumažinti dirvos melioruojamos, auginami sideratai, o kai drėgmės trūksta – laistoma. Kad šaknims nepakenktų aukšta teigiama temperatūra, kaupiami ir mulčiuojami pomedžiai, kai trūksta maisto medžiagų, tręšiama. Aeracijos sąlygos gerinamos dirvos dirbimu.
Vaismedžių šaknys yra pasiskirsčiusios gilesniuose sluoksniuose, todėl dirvas reikia kiek kitaip dirbti. Fosforo ir kalio trąšas reikia įterpti daug giliau, geriausia, kai žemė dirbama plantažiniais plūgais sodui veisti. Dalį šių medžiagų gali transformuoti iš viršutinių sluoksnių į gilesnius tarpueiliuose auginamos tokios kultūros, kurių šaknys skverbiasi giliau ir ten palieka mi neralizuotis. Kad nebūtų žalojamos sekliausiai pasiskirsčiusios šaknys, dirvą reikia dirbti atidžiai, ypač ariant tarpueilius. Arimo gylį reikia nuolat tikrinti, kad plūgas nežalotų šaknų. Pastaraisiais metais dirvą imta purenti lėkštinėmis akėčiomis. Arčiau vaismedžių kamienų šaknys pasiskirsčiusios arčiau žemės paviršiaus, todėl čia dirva purenama dar sekliau.
